これは、「赤目」と呼ばれる現象で、赤くなっているのはフラッシュの光が目の光の入り口である「瞳孔」を通って、目の奥の眼底を照らし出しているからです。眼底には網膜があり、多くの血管が通っているので赤く見えるというわけです。

赤目防止機能がついたカメラはフラッシュ撮影のときにフラッシュを２度光らせますが、これは１度目の光で目の瞳孔を小さくさせ、２度目のフラッシュの時に撮影しているからなんです。瞳孔を小さくすれば、眼底が赤く反射することも防げるということですね。